Samjhauta Express Bombing: एनआईए की जांच में यह भी पता चला कि जिन लोगों ने हमला किया या इस हमले में शामिल थे, वे देश के मंदिरों पर हुए चरमपंथी हमलों से भड़के हुए थे. इनमें गुजरात के अक्षरमधाम मंदिर (24 सितंबर 2002) और जम्मू के रघुनाथ मंदिर में हुए दोहरे धमाके (30 मार्च और 24 नवंबर 2002) और वाराणसी के संकटमोचन मंदिर (07 मार्च 2006) शामिल हैं.